"De acordo com o governo do Estado, com a concessão, a viagem pelas rodovias, que ligam São Paulo à Taubaté, fica 40,7% mais barata."
O texto tratava das rodovias do sistema Ayrton Senna-Carvalho Pinto, que fazem a ligação entre as referidas cidades. O verbo "ligar", de fato, requer a preposição "a" (ligar X a Y), mas a crase só ocorrerá se essa preposição encontrar outro "a", geralmente o artigo definido feminino.
Cumpre, então, verificar se ocorre o artigo feminino antes do nome da cidade. Com poucas exceções, nomes de cidades não são antecedidos de artigo. Para tirar a prova, basta fazer uma construção com uma preposição que não seja o "a". Assim: "Morava em Taubaté", "Voltou de Taubaté". Percebe-se que o nome da cidade não é antecedido de artigo, portanto uma rodovia pode ligar São Paulo a Taubaté (o "a" é preposição, como "em" e "de", e não ocorre artigo, portanto não ocorre crase).
Veja, abaixo, o texto corrigido:
De acordo com o governo do Estado, com a concessão, a viagem pelas rodovias, que ligam São Paulo a Taubaté, fica 40,7% mais barata.
Redações avaliadas por uma equipe especializada em correção de prova de vestibular e Enem
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