Aos 8 anos, João Mota começou a fazer teatro nos programas infantis da Emissora Nacional. Aos 13, teve a sua primeira experiência na televisão. No ano seguinte, iniciou se no Teatro Nacional, onde contracenou com Palmira Bastos e Amélia Rey Colaço. Nos anos de 1960 e 1970, participou de diversos filmes portugueses. Mas é ao teatro, e como diretor, que depois se dedica quase totalmente: após uma experiência de trabalho junto ao teatrólogo Peter Brook, em 1971 foi fundador do grupo Os Bonecreiros, no qual fez sua estréia na direção com O Circo Imaginário do Super-Basílio. Em 1972, fundou a Comuna – Teatro de Pesquisa, companhia independente que tem marcado a paisagem teatral portuguesa ao longo de mais de 25 anos. Mota tornou-se o diretor do grupo, que nasceu com propósitos de renovação da investigação teatral e do trabalho coletivo em torno do teatro. Entre as peças em que participou e dirigiu, destaque para: Bão, que esteve nove anos em cartaz, Castro (1982), Para Onde Ir (1972) e Guerras de Alecrim e Manjerona (1975).